Segundo período presidencial (2006-2010)….
Uribe fue reelegido para el período 2006-2010 después de impulsar una reforma a la constitución que permitía la reelección inmediata, esta fue aprobada en diciembre de 2004 por el Congreso y declarada constitucional el 19 de octubre del 2005 por la Corte Constitucional de Colombia por medio de la Sentencia C-1040/05.
Por otro lado en su gobierno se expide el decreto 4444 de 2006, que reglamenta el aborto y la práctica de este en el país, en los tres casos despenalizados por la Corte Constitucional (violación, grave mal formación del feto y peligro para la madre).
Para la reelección, Uribe alcanzó el 62,35 % total de la votación (7 397 835 votos). La votación, claramente a su favor, superó el número de votos alcanzados en el primer periodo, convirtiéndose el mandatario con mayor número de votos obtenidos en la historia electoral del país. En dicha elección participó el 45,05 % (12 041 737 personas) del censo electoral.
Política de seguridad democrática ….
El 31 de diciembre de 2006, tropas de la Infantería de Marina desarrollaron operativos en los Montes de María, entre los departamentos de Bolívar y Sucre para rescatar al ex-ministro Fernando Araújo Perdomo secuestrado durante seis años por las FARC.
Tras el inicio del operativo militar, Araújo tomó la decisión de escaparse buscando proteger su vida, permaneciendo cinco días escondido en la selva buscando liberarse y evitar ser recapturado por sus secuestradores. Finalmente llegó a un caserío donde se encontró con integrantes de la Fuerza Pública, los militares lo llevaron a una base naval en Cartagena el 5 de enero de 2007.
Sin embargo fue en julio de 2008 cuando el gobierno de Uribe ordenó la Operación Jaque, en la que el ejército rescató 15 secuestrados entre los que se encontraban la ex-candidata Íngrid Betancourt, 3 ciudadanos estadounidenses y 11 militares colombianos. Los militares se hicieron pasar por miembros de la Cruz Roja convenciendo a los guerrilleros que subieron los secuestrados al helicóptero. Una vez en el aire los militares redujeron a los dos guerrilleros que los acompañaban. Por su parte, Uribe estuvo al tanto de la operación y ordenó el proceder de esta.
Otro operativo fue la Operación Fénix que se efectuó en febrero de 2008 cuando Uribe ordenó y autorizó la operación militar contra un campamento guerrillero ubicado en territorio Ecuatoriano, dándole muerte a 17 guerrilleros entre ellos Raúl Reyes cabecilla de las FARC. Posteriormente dos helicópteros del ejército colombiano invadieron suelo Ecuatoriano para recoger evidencia y remover los cuerpos de guerrilleros muertos. Sin embargo a raíz del operativo se dio una crisis diplomática entre Bogotá y Quito.
Durante su presidencia, en 2009 la Inversión Extranjera Directa (IED) en Colombia sobrepasó los 8.550 millones de USD a pesar de la Gran Recesión, gracias en gran parte a la seguridad democrática que permito la concesión de grandes proyectos de minería.
Agro Ingreso Seguro ….
Durante el segundo mandato de Uribe, más 316.000 familias campesinas productoras resultaron beneficiarias del programa Agro Ingreso Seguro (AIS). Sin embargo en octubre de 2008 estalló un escándalo cuando la revista Cambio denunció que el AIS había entregado subsidios a personas prestantes, entre ellas Mario Uribe, primo del presidente. Otros beneficiarios dieron dinero a iniciativas uribistas; y 10 a la campaña del fallido referendo por la tercera reelección de Uribe. Esto llevó al Gobierno colombiano a tratar de obtener la devolución de dineros de AIS en 2009.
Relaciones exteriores ….
Las relaciones políticas con Venezuela fueron inicialmente cordiales, aunque se deterioraron por momentos a causa del tradicional conflicto limítrofe en el Golfo de Venezuela. El apoyo de Uribe a Bush y las políticas como la de Seguridad Democrática fueron tomados por los seguidores del gobierno de Hugo Chávez y de él mismo como una amenaza a la Revolución Bolivariana.
Una de las situaciones más tensas surgió a raíz del caso Rodrigo Granda., Pero en el 2007 las relaciones entre los dos mandatarios se deteriorarían definitivamente después de que Uribe autorizara la mediación de Hugo Chávez en el Acuerdo Humanitario y que tres meses después interrumpiera dicha mediación. Este incidente causó un enfrentamiento verbal entre los mandatarios por medio de comunicados y las declaraciones públicas que terminaron por minar las relaciones que hasta el momento habían sido cordiales.
En 2008, las relaciones con el presidente del Ecuador, Rafael Correa, se deterioraron por cuenta de la Operación Fénix, incursión de las Fuerzas Militares de Colombia dentro de territorio ecuatoriano, en el que fue dado de baja el cabecilla de las FARC alias «Raúl Reyes» y se encontraron lazos de dicha organización con miembros de varios gobiernos internacionales en los computadores de Raúl Reyes.
En otros asuntos, su gobierno se ha mantenido al margen de la posición de los Estados Unidos, entre ellos al mantener relaciones bilaterales con Cuba y no apoyar las mociones contra esa nación en la ONU.
Relaciones con el poder judicial ….
Las relaciones entre el poder ejecutivo y judicial durante el gobierno de Uribe, y particularmente con la Corte Suprema de Justicia, fueron tensas, especialmente en su segundo mandato. Los dos poderes se han acusado mutuamente de conspiración en especial a raíz del escándalo de la Parapolítica, el escándalo de la Yidispolítica y la no elección de Fiscal General por parte de las Altas Cortes de la terna enviada por el presidente de la República según cita la Constitución Política.
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